Возрождение Брестской епархии произошло в 1990 г. в результате ее выделения из состава Пинской епархии в пределах западной части Брестской области. Епархия учреждена постановлением Архиерейского Собора Русской Православной Церкви от 31 января 1990 г. и постановлением Синода Белорусской Православной Церкви от 6 февраля 1990 г. Первым правящем архиереем возрожденной епархии стал архиепископ Брестский и Кобринский Константин (Хомич).
Восстановление церковной жизни в епархии началось с возобновления возвращенных государством и строительства новых храмов. Также за это время созданы четыре монашеских обители (2 мужских и 2 женских) и один женский скит. Ряд вновь созданных и возрожденных православных братств и сестричеств стали мощными источниками благотворительной, миссионерской и духовно-просветительской деятельности.
В сентябре 1993 г. состоялся визит Блаженнейшего Митрополита Варшавского и всей Польши Василия (Дорошкевича) в пределы Брестской епархии. Божественную литургию предстоятель Польской Православной Церкви совершил в часовне святого преподобномученика Афанасия, игумена Брестского.
Дважды (июль 1995 г. и июнь 2001 г.) епархию посещал Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В июле 1995 г. патриарх преподал благословение на основание мужского монастыря на месте мученической кончины святого брестского игумена Афанасия, а в июне 2001 г. совершил освящение новопостроенного Брестского Воскресенского собора (храм-памятник Великой Отечественной войны).
С 7 октября 2002 г. правящим архиереем является архиепископ Брестский и Кобринский Иоанн (Хома).
21–22 июля 2015 г. пределы Брестской епархии посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.