С началом Великой Отечественной войны Брестчина (за исключением северных районов) была присоединена немецкими оккупационными властями к рейхскомиссариату «Украина». Соответственно, в этот период Брестская земля разделила церковную участь этих территорий – верующие поделились на приверженцев канонической Украинской Автономной Православной Церкви Московского Патриархата во главе с митрополитом Алексием (Громадским) и приверженцев раскольнической Украинской Автокефальной Православной Церкви. Архиепископ Полесский Александр (Иноземцев), претендовавший на управление приходами Брестской епархии, поддержал деятельность раскольников-автокефалистов.
В это время была создана викарная Брестская кафедра в пределах Автономной Украинской Православной церкви Московского Патриархата. По ходатайству местного духовенства на созданную викарную Брестскую кафедру 30 апреля 1942 г. был избран Иоанн (Лавриненко). На состоявшемся в Ковеле Архиерейском Соборе Украинской Православной Церкви 7 июня 1943 г. он был возведен в сан архиепископа и утвержден правящим архиереем самостоятельной Полесской и Брестской епархии. Параллельно титул викарного «епископа Брестского, викария Полесской епархии» с февраля 1942 г. носил Георгий (Коренистов, 1942–1944), ставленник самопровозглашенной Украинской Автокефальной Церкви.