По Андрусовскому перемирию 1667 года территория Беларуси снова вошла в состав Польско-Литовского государства, и здесь началось восстановление позиций католической и униатской Церкви. В это время сеймы Речи Посполитой издали ряд постановлений, враждебных для православных. Сейм 1667 года постановил освободить от всех воинских повинностей только униатское духовенство; православные клирики были уравнены с податными сословиями — крестьянами и мещанами. В 1668 г. сейм постановил: «Отступники от католичества и унии (т. е. православные.— Авт.) не должны пользоваться покровительством сеймовых постановлений». Сейм 1673 года запретил давать шляхетство не католикам. Постановлением сейма 1676 года, подтвержденным на сеймах 1678 и 1699 гг., правосл. ставропигиальным братствам и вообще всем православным воспрещалось выезжать за границу или приезжать оттуда, сноситься с Константинопольским Патриархом и представлять на его решение дела, касающиеся веры, братства должны были или подчиниться местным епископам, или представлять дела веры на решение гражданских судов. Таким образом, если епископ принимал унию, то братства уже не в праве были обращатьться к Патриарху. Запрещением православным выезда за границу правительство Речи Посполитой намеревалось добиться полного разрыва связей православного населения страны с Москвой и Константинополем. По закону 1697 года, в судебное делопроизводство на территории ВКЛ был введен польский язык вместо «русского». Сейм 1699 г. постановил, что только «мещане правдивые униаты исключительно способны к занятию выборных магистратских должностей» Эти решения, принятык при королях Михаиле Вишневецком (1669–1673) и Яне Собесском (1674–1696) предопределили конфессиональную политику в Речи Посполитой и в XVIII веке. После этого захват церковных земель, церковного имущества, утвари православны храмов, издевательства над православными священниками, их убийства (даже в алтаре), поругание святынь, разорение православных кладбищ и тому подобное стали обычными на всей территории Польско-Литовского государства. Только «Вечный мир» (1686), который Речь Посполитая заключила с Россией перед лицом турецкой экспансии, заставили ее отказаться от Левобережной Украины с Киевом и провозгласить свободу исповедания Православия, оставив за православными те епархии, которые им были даны при короле Владиславе IV. Правительство России получило право наблюдать за исполнением этих обещаний и ходатайствовать за православных в случае их притеснений. К Московскому Патриархату перешла часть Западнорусской митрополии, которая лежала к востоку от Днепра, вместе с Киевом. Киевское воеводство, Волынь, Подолия, Галиция и вся Беларусь остались под властью короля, и православные встретились с трудностями неизмеримо большими, чем ранее. Главной задачей конфессиональной политики правительства Речи Посполитой стало уничтожение Православия на своих землях. С этой целью было принято решение тайно заменить православных епископов униатскими, исполнителем замысла стал Львовский православный епископ Иосиф (Шумлянский), с этой целью перешедший в Православие из унии в 1667 году.
В это сложное для Православия время Могилёвскую кафедру возглавлял митрополит Иосиф (Нелюбович-Тукальский), в 1667 г. освобожденный из Мариенбургского замка и поселившийся в Виленском Свято-Духовом монастыре. Запрет на колокольный звон, наложенный им по случаю следования процессии с телом Иосафата Кунцевича, чуть было не стоил ему нового ареста, только бегство на Украину спасло митрополита от расправы. Митрополит Иосиф сохранял за собою Могилёвскую епархию до 1669 г. С 1669 года. белорусскими православными приходами управлял слуцкий архимандрит Феодосий (Василевич), в 1670 г. он предложил папскому нунцию проект условий, на которых православные согласились бы подчиниться папе. Феодосий скончался в 1678 году. В 1680 году православные избрали на Белорусскую кафедру Климента (Тризну; 1680–1686), бывшего настоятеля Свято-Духова Виленского мон-ря. В отличие от других западнорусских епископов он отказался принести тайную присягу папе и потому не получил привилея. После него более 20 лет Могилевская (Белорусская) епархия вдовствовала и управлялась наместниками Киевского митрополита. В 1689 г. король Ян Собесский дал привилей на епископство тайному униату Гедеону Одорскому, закончившему католический университет в Оломоуце, но паства потребовала, чтобы Одорский отправился для хиротонии к Киевскому митрополиту, в Киеве Одорский перешел в Православие и там остался. В 1697 г. на Могилёвскую епископию получил от короля грамоту архимандрит Серапион (Польховский), но в 1699 г. по настоянию Полоцкого униатского архиепископа король объявил грамоту недействительной. Причина отказа заключалась в том, что «не только в Белорусской епархии, но и по всему Великому княжеству Литовскому чрез посвящение во священнический сан схизма начала множиться». Все последующие епископы, возглавлявшие Могилёвскую епархию в 1-й половине XVIII века.: Сильвестр (Четвертинский; 1707–1728), Арсений (Берло; 1730–1732), Иосиф (Волчанский; 1732–1742), Иероним (Волчанский; 1744–1754) были мужественными защитниками Православия, стойко сопротивлявшимися попыткам со стороны униатов и правительства Речи Посполитой закрыть Могилевскую (Белорусскую) православную епархию.
Новой победой католицизма стал Замойский провинциальный собор 1720 года, утвердивший в униатской Церкви католическую догматику и обряды. С этого времени начался процесс открытой латинизации унии и эпоха массового перевода крестьян из Православия в унию. В сентябре 1732 года в Варшаве был созван сейм, который образовал «генеральную конфедерацию» с целью пересмотра всех привилегий православно-русского населения Речи Посполитой. Конфедерация постановила уничтожить и запретить следующие из них: 1) избрание православных депутатов в сеймы, трибуналы и специальные комиссии; 2) созыв православных съездов и собраний; 3) принятие православных на должности в воеводствах, городах и землях Речи Посполитой; 4) сношения со всеми иностранными представителями при Варшавском дворе. Последняя статья отнимала у православных право обращаться за покровительством к представителям России при королевском дворе, полученное ими в 1686 г. по договору между Россией и Речью Посполитой. конфедерация также запретила православным священникам ходить по улицам со Святыми Дарами, церковные таинства и требы можно было совершать только с разрешения католических ксендзов за установленную плату; публично хоронить усопших православным разрешалось только ночью; православные обязаны были присутствовать при католических крестных ходах; дети, рожденные от смешанных браков, должны были принадлежать к католической церкви; православным вменялось в обязанность соблюдать канонические правила католической Церкви.
Для обращения православных в католичество или унию в Беларуси учреждались особые миссии из католических и базилианских монахов. Миссионеры заставляли новообращенных ставить кресты в память «исшествия своего из Египта», т. е. из Православия; устраивали подобие Страшного Суда, для чего православных, «упорных в схизме», выгоняли за город, где католический миссионер, стоя на возвышении, отделял православных от католиков. Первых ставил по левую сторону от себя и обрекал «на вечную муку», а остальных, стоявших справа, присуждал «к вечному блаженству». Был даже придуман для насильственного перевода в католичество особый способ — «наезд на монастырь». Бесконечные преследования приводили православных к религиозному безразличию, а чаще — к переходу в унию. К концу XVIII века около 80% крестьян Беларуси стали униатами.
Конфессиональная ситуация накануне и в период разделов Речи Посполитой отличалась чрезвычайно напряженностью. Некоторое оживление православных, связанное с надеждами на поддержку со стороны императрицы Екатерины II (1762–1796), вызвало резкое противодействие представителей католической Церкви. В конституцию Варшавского сейма 1766 г. по предложению Краковского епископа Солтыка было внесено постановление, объявлявшее врагом отечества каждого, кто осмелился бы на сейме поднять голос в пользу иноверцев. Фанатизм католической партии и униатов был причиной восстания гайдамаков под руководством М. Железняка и И. Гонты, вошедшего в историю под названием «колиивщины» (1768–1769).
К 1-му разделу Речи Посполитой (1772) на всей ее территории уцелело 40 православных моныстырей и около 200 православных приходов, из них 130 — в Беларуси. Православие в Речи Посполитой, казалось, доживает последние дни. Однако эти наиболее тяжелые для Православия годы выдвинули беспримерных его защитников, таких как Переяславский епископ Гервасий, игумен Матронинского монастыря Мелхиседек (Значко-Яворский) и Могилёвский архиепископ Георгий (Конисский; 1755–1795). Еще в 1763 году Георгий (Конисский) обратил внимание императрицы Екатерины II, а в 1765 году.— короля Станислава Августа (1764–1795) на преследования православных в Речи Посполитой. Однако, несмотря на приказы короля прекратить насилия и решения сейма 1768 г. предоставить диссидентам свободу вероисповедания, положение православных не ухудшалось лишь до тех пор, пока российские войска стояли в пределах Речи Посполитой. Крайняя религиозная нетерпимость к иноверцам, нежелание удовлетворить законные требования относительно свободы веры были одной из главных причин, приведших в конце концов к исчезновению Речи Посполитой к как государства.
С присоединением восточной части Беларуси к России процесс возрождения православной жизни на этих землях пошел быстрыми темпами. Во вновь образованных Псковской и Могилёвской губерниях (с 1797 Могилёвская и Полоцкая) были обнародованы правительственные распоряжения, запрещавшие под страхом строгой ответственности совращать православных в унию и без согласия правительства России публиковать папские буллы. Вместе с тем повелевалось, чтобы сыновья от смешанных браков считались православными. Эти распоряжения не только упрочили положение православное населения Беларуси, но и повлияли на возвращение униатов к вере отцов и дедов.
В ином положении оказалось православное население, оставшееся в Речи Посполитой. По настоянию святителя Георгия (Конисского) и нескольких православных магнатов для западной части Беларуси и Волыни в 1788 году была открыта викарная кафедра в Слуцке, на нее был назначен бывший архимандрит Слуцкого Троицкого мон-ря Виктор (Садковский) с титулом «епископ Переяславский, викарий Киевской митрополии». После прибытия его в Слуцк среди населения началось активное движение в пользу Православия, власти обвинили епископа Виктора в подстрекательстве к бунту, в 1789 году его арестовали и заключили в Ченстоховскую крепость, а все православное духовенство было приведено к присяге на верность королю. В Беларуси к присяге приводились еще и крестьяне, причем они присягали не только королю, но и своему господину и его наследникам. Для того чтобы избежать религиозной опеки со стороны России, Великий сейм (1788–1791) высказался за организацию в Речи Посполитой особой православной Церкви, подчиненной Константинопольскому Патриарху. Во главе ее должен был стоять митрополит с кафедрой в Бельске, ему подчиняются 3 епископа: в Минске, Новогрудке и Житомире. Реализации этого проекта помешали 2-й (1793) и 3-й (1795) разделы Речи Посполитой, по которым вся территория Беларуси в современных ее границах, отошла к России.
Уже после 1-го раздела Речи Посполитой Екатерина II в тайном наказе повелела губернаторам «вновь присоединенных от Польши областей» наблюдать за полной неприкосновенностью всех конфессий: Православия, католичества и униатства. По инициативе правительства в 1773 году была учреждена независимая от Рима Белорусская католическая епархия во главе с епископом Станиславом (Богушем-Сестренцевичем). В Беларуси дозволялась деятельность запрещенного в 1773 году папой ордена иезуитов, который не только укрепил свои материальные позиции, но и значительно расширил сферу деятельности в области образования. Ответом на действия правительства стал Собор в Радомысле, к-рый постановил во всех униатских церквах совершать богослужение с дополнениями католической обрядности, как было установлено на Замойском Соборе. Униатский митрополит Иассон Смогоржевский в окружном послании ко всем духовным и гражданским чинам, потребовал способствовать обращению православных в унию и не стесняться для того применять силу в виде экзекуций, лишения служебных мест, тюремных заключений и тому подобного.
Против постановлений Замойского Собора выступил архиеп. Георгий (Конисский). В 1780 г. последовало распоряжение императрицы уволить Иассона Смогоржевского от управления митрополией и упразднить Полоцкую униатскую епархию, назначение духовных лиц для униатов было возложено на особую консисторию. В случае вакансии священнического места в униатском приходе предписывалось спрашивать прихожан, не желают ли они иметь православного священника, и, если они «изъявляли на то согласие», предоставлять местным правосл. архиереям принимать такие приходы в свое заведование. После издания этого рескрипта за 4 года (1781–1783), по сведениям святителя Георгия (Конисского) и Псковского архиепископа Иннокентия (Нечаева), к Православию в их епархиях присоединилось 117 161 человек, 1772–1780 гг. в восточной Беларуси около 250 тысяч униатов обратились в Православие. Возвращение в Православие осуществлялось еще быстрее после 2-го и 3-го разделов Речи Посполитой. К концу царствования Екатерины II всех присоединившихся, по официальным данным, было более 2 млн. человек Все униатские епархии были закрыты, кроме одной — Белорусской во главе с архиепископом, в 1784 г. первым ее возглавил Ираклий (Лисовский), сторонник сближения униатской церкви с Православием и очищения ее от католической обрядности.
В то же время в Беларуси шло укрепление новой православной епархиальной структуры, на территории каждой губернии функционировала отдельная епархия: Могилёвская, Минская (1793), Полоцкая (1833), часть белорусских земель входила в Литовскую епархию.